UCT Repository Prague MASTER THESIS

The Influence of Nucleotide Pairing on the Dynamics of Transfer RNA

Vliv párování nukleotidů na dynamiku transferových RNA

Bc. Jakub Žváček

UCT Repository Prague MASTER THESIS

The Influence of Nucleotide Pairing on the Dynamics of Transfer RNA

Vliv párování nukleotidů na dynamiku transferových RNA

Bc. Jakub Žváček

Transferové RNA (tRNA) jsou biomolekuly klíčové pro syntézu proteinů. Působí jako adaptéry, jež propojují genetickou informaci kódovanou v mRNA s odpovídajícími aminokyselinami během translace. Tyto malé RNA molekuly jsou zodpovědné za přenos specifických aminokyselin k ribozomu, kde jsou začleněny do rostoucího polypeptidového řetězce podle kodonů na mRNA. Každá tRNA molekula obsahuje tří-nukleotidovou sekvenci zvanou antikodon, která se páruje s kodonem na mRNA a zajišťuje přesný výběr aminokyselin. Ačkoli jsou si tRNA podobné svou trojdimenzionální strukturou, jejich sekvence nukleotidů se mohou výrazně lišit. Navíc obsahují velké množství nekanonických nukleotidů, jako je pseudouridin. Antikodon je obklopen dvojšroubovicovým strukturním prvkem zvaným antikodonové rameno. Pomocí simulací molekulární…

Transfer RNAs (tRNAs) are essential molecules in protein synthesis, acting as adapters that bridge the genetic information encoded in mRNA to the corresponding amino acids during translation. These small RNA molecules are responsible for carrying specific amino acids to the ribosome, where they are incorporated into the growing polypeptide chain according to the codons on the mRNA. Each tRNA molecule contains a three-nucleotide sequence called the anticodon, which complements the codon on the mRNA, ensuring accurate amino acid selection. Although the tRNAs are similar in the 3D shape, their sequence of nucleotides may notably differ involving also non-canonical nucleotides such as pseudouridine. The anticodon is surrounded by a double-helical structural element called anticodon stem. Using molecular dy…

Advisor: doc. RNDr. Michal Kolář, Ph.D.
Referee: doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.
Thesis type: Master thesis
Institution: University of Chemistry and Technology, Prague
Faculty: Faculty of Chemical Engineering
Department: Department of Physical Chemistry
Institution: University of Chemistry and Technology, Prague
Faculty: Faculty of Chemical Engineering
Department: Department of Physical Chemistry
Study programme: Data Engineering in Chemistry
MŠMT code: N0711A130020
Language: English
Access rights: open access
SIS ID: 46757
Date available: Jun 18, 2025
Date modified: Jun 18, 2025
Date defended: Jun 4, 2025DEFENDED

The Influence of Nucleotide Pairing on the Dynamics of Transfer RNA

Vliv párování nukleotidů na dynamiku transferových RNA

The Influence of Nucleotide Pairing on the Dynamics of Transfer RNA

Vliv párování nukleotidů na dynamiku transferových RNA

ANOTACE

ANNOTATION