UCT Repository Prague BACHELOR THESIS

Sequence dependent structural dynamics of DNA containing radiation damage

Sekvenčně závislá strukturní dynamika DNA s radiačním poškozením

Bc. Oleksandra Shumilina

UCT Repository Prague BACHELOR THESIS

Sequence dependent structural dynamics of DNA containing radiation damage

Sekvenčně závislá strukturní dynamika DNA s radiačním poškozením

Bc. Oleksandra Shumilina

Cyklobutan dimer (CPD) je nejčastějším poškozením DNA v důsledku jejího vystavení ionizujícímu záření. I když biologické účinky CPD a mechanismus jeho opravy byly intenzivně studovány, strukturní a mechanické důsledky přítomnosti tohoto poškození v dvoušroubovici DNA, které leží v základu těchto mechanismů, nejsou plně pochopeny. Cílem práce je studovat vliv CPD na strukturu a elasticitu DNA v různých sekvenčních kontextech. Budou provedeny rozsáhle simulace molekulové dynamiky duplexů DNA, kde CPD bude obklopena vždy různými sousedními páry (celkem je 16 možností), spolu s odpovídajícími nepoškozenými kontrolními duplexy. Statistickou analýzou konformačních fluktuací bude pak dedukována strukturní dynamika a elastické vlastnosti duplexu. Výsledky popíší strukturní účinek CPD a jeho závislost na sekven…

Cyclobutan dimer (CPD) is the most frequent DNA damage due to its exposition to ionizing radiation. Although the biological effects and repair mechanisms of CPD have been extensively studied, structural and mechanical consequences of its presence, which underpin these mechanisms, are poorly understood. The aim of the work is to study the effect of CPD on DNA structure and elasticity in different sequence contexts. Extensive molecular dynamics simulations of DNA duplexes, with CPD surrounded by all possible base pairs (16 cases in total) will be performed, together with control undamaged duplexes. Statistical analysis of the conformational fluctuations will then be used to deduce structural dynamics and elastic properties of the duplex. The results will elucidate the structural effect of CPD and its dep…

Advisor: doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.
Thesis type: Bachelor thesis
Institution: University of Chemistry and Technology, Prague
Faculty: Faculty of Chemical Technology
Department: Department of Informatics and Chemistry
Study programme: Bioinformatics and Chemical Informatics
MŠMT code: B0588A140001
Language: English
Access rights: open access
SIS ID: 42108
Date available: Mar 21, 2024
Date modified: Mar 22, 2024
Date defended: Mar 7, 2024DEFENDED

Sequence dependent structural dynamics of DNA containing radiation damage

Sekvenčně závislá strukturní dynamika DNA s radiačním poškozením

Sequence dependent structural dynamics of DNA containing radiation damage

Sekvenčně závislá strukturní dynamika DNA s radiačním poškozením

ANOTACE

ANNOTATION