UCT Repository Prague MASTER THESIS

Classification algorithms to study biomolecular allostery

Využití klasifikačních algoritmů pro studium allosterie v biomolekulách

Bc. Hugo Mc Grath

UCT Repository Prague MASTER THESIS

Classification algorithms to study biomolecular allostery

Využití klasifikačních algoritmů pro studium allosterie v biomolekulách

Bc. Hugo Mc Grath

Biomolekuly jsou objekty, jejichž funkce je kódovaná jejich strukturou a dynamikou. Komunikace mezi vzdálenými částmi biomolekul může probíhat tzv. allostericky, kdy dynamika jedné části biomolekuly (zdroje informace) je korelovaná s dynamikou jiné části biomolekuly (příjemce informace). Spouštěcí mechanismus allosterického signálu skrz vybranou biomolekulu nejčastěji zahrnuje vazbu nízkomolekulárního ligandu, změnu iontového prostředí nebo kontakt jiné biomolekuly. Předmětem práce je proteazom, který je zodpovědný za degradaci proteinů ve vyšších organizmech. Proteazom se skládá z několika desítek proteinů, alfa podjednotek na vnější části a beta podjednotek na vnitřní části. Práce se bude zabývat přenosem allosterického signálu z katalytické beta5 podjednotky směrem k alfa-podjednotkám. Pomocí klasif…

1. Get familiar with the current state in the field of biomular computer simulations. Focus on methods to study conformational behavior and allostery. Write your findings to the theoretical introduction of the thesis. 2. Get familiar with the file formats used for storing biomolecular structural data and trajectories. Learn, how to work with them using the Python programming language with libraries such as numpy, pandas, MDAnalysis, etc. 3. Learn, how to work with Python libraries for machine learning, such as scikit-learn, pytorch, etc. 4. Focusing on structure, dynamics, and allostery, analyze the existing molecular dynamics trajectories of the human proteasome. Focus on the differences between inhibited and native proteasome. 5. Suggest a workflow that would describe the anticipated allostery in the…

Advisor: doc. RNDr. Michal Kolář, Ph.D.
Referee: Lars Bock
Thesis type: Master thesis
Institution: University of Chemistry and Technology, Prague
Faculty: Faculty of Chemical Engineering
Department: Department of Physical Chemistry
Study programme: Data Engineering in Chemistry
MŠMT code: N0711A130020
Language: English
Access rights: open access
SIS ID: 39798
Date available: Jun 20, 2023
Date modified: Jun 21, 2023
Date defended: Jun 6, 2023DEFENDED

Classification algorithms to study biomolecular allostery

Využití klasifikačních algoritmů pro studium allosterie v biomolekulách

Classification algorithms to study biomolecular allostery

Využití klasifikačních algoritmů pro studium allosterie v biomolekulách

ANOTACE

ANNOTATION