UCT Repository Prague BACHELOR THESIS

Studium interakce enzymů s povrchem ribozomu metodami výpočetní biochemie

Computational biochemistry of ribosome-enzyme interactions

Ing. Hugo Mc Grath

UCT Repository Prague BACHELOR THESIS

Studium interakce enzymů s povrchem ribozomu metodami výpočetní biochemie

Computational biochemistry of ribosome-enzyme interactions

Ing. Hugo Mc Grath

Syntéza bílkovin probíhá v živých buňkách pomocí ribozomu - velkého komplexu několika desítek proteinů a RNA. Jelikož je proteosyntéza zcela zásadní proces, existuje pro ni velké množství regulačních mechanismů. Nově syntetizovaný protein je obvykle modifikován buď v průběhu proteosyntézy (kotranslačně) a nebo po uvolnění z ribozomu (post-translačně). Např. u bakterií je potřeba odstranit signální fMet na první pozici peptidu ve stavu zrodu. To zajišťuje peptidová deformyláza, která se nekovalentně váže na povrch ribozomu. Cílem práce je pomocí počítačových simulací porozumět této interakce a souvislostem s regulací proteosyntézy.

Protein synthesis occurs on ribosomes - large complexes of few dozen protein and RNA. Due to the importance of proteosynthesis, there exist many mechanisms to regulate it. The nascent protein is typically modified during synthesis (co-transationally) or after released from the ribosome (post-translationally). For instance, in bacteria, the signal fMet residue is removed from the nascent protein. This is achieved by peptide deformylase, which binds noncovalently to the ribosome surface. In this work, atomistic computer simulations will be used to understand the interaction and the relation to the ribosome regulation.

Advisor: doc. RNDr. Michal Kolář, Ph.D.
Thesis type: Bachelor thesis
Institution: University of Chemistry and Technology, Prague
Faculty: Faculty of Chemical Engineering
Department: Department of Physical Chemistry
Study programme: Chemistry
Specialization / field: Chemistry
MŠMT code: 1407R005
Language: Czech
Access rights: open access
SIS ID: 34249
Date available: Jul 9, 2021
Date modified: Jul 10, 2021
Date defended: Jun 25, 2021DEFENDED

Studium interakce enzymů s povrchem ribozomu metodami výpočetní biochemie

Computational biochemistry of ribosome-enzyme interactions

Studium interakce enzymů s povrchem ribozomu metodami výpočetní biochemie

Computational biochemistry of ribosome-enzyme interactions

ANOTACE

ANNOTATION