UCT Repository Prague MASTER THESIS

Methods and Challenges in the Analysis of single-cell RNA-sequencing Data

Metody a úskalí v analýze single-cell RNA sekvenačních dat

Mgr. Šárka Benešová

UCT Repository Prague MASTER THESIS

Methods and Challenges in the Analysis of single-cell RNA-sequencing Data

Metody a úskalí v analýze single-cell RNA sekvenačních dat

Mgr. Šárka Benešová

Single-cell RNA-sekvenování je poměrně nová a rychle rozvíjející se metoda molekulární biologie, umožňující studium transkriptomu až mnoha tisíců buněk najednou. Rychlý technologický vývoj na tomto poli je doprovázen vývojem nových algoritmů pro zpracování dat. Cílem této diplomové práce je, s využitím nejnovějších algoritmů, vytvořit standardizovaný postup pro zpracování dat z 10X Genomics, zahrnující kontrolu kvality dat, normalizaci, klastrování buněk do subpopulací, detekci markerů pro klastry a diferenční analýzu genové exprese. K tomuto účelu budou využita veřejně dostupná data získaná z myších astrocytů, na kterých bude funkčnost postupu ověřena.

Advisor: prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D.
Referee: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.
Thesis type: Master thesis
Institution: University of Chemistry and Technology, Prague
Faculty: Faculty of Chemical Technology
Department: Department of Informatics and Chemistry
Study programme: Bioinformatics
Specialization / field: Chemical Informatics and Bioinformatics
MŠMT code: 3902T061
Language: English
Access rights: open access
SIS ID: 29772
Date available: Jun 17, 2019
Date modified: Jun 17, 2019
Date defended: Jun 3, 2019DEFENDED

Methods and Challenges in the Analysis of single-cell RNA-sequencing Data

Metody a úskalí v analýze single-cell RNA sekvenačních dat

Methods and Challenges in the Analysis of single-cell RNA-sequencing Data

Metody a úskalí v analýze single-cell RNA sekvenačních dat

ANOTACE