CZ | EN

Studying of protein structure by spectroscopic and computational methods

Studium struktury proteinů pomocí spektroskopických a výpočetních metod

Studying of protein structure by spectroscopic and computational methods

Studium struktury proteinů pomocí spektroskopických a výpočetních metod

ANOTACE

V práci se zaměříme na studium struktury a interakci proteinových fibril, vzhledem k jejich významu pro biologii neurodegenerativních nemocí. Hlavním modelem bude molekulaa-synucleinu přítomná při Parkinsovově onemocnění, a dlouhodobým cílem práce bude zjistit, jaké faktory ovlivňují růst a strukturu fibril. Konformační vlastnosti molekul budeme sledovat zejména metodami spektroskopie optické aktivity. Předběžný plán spočívá v přípravě vzorků proteinu na bakteriálních kulturách, vypracování reprodukovatelného protokolu pro růst fibril, spektroskopická (VCD, ROA, etc.) charakteristika nativního a sraženého a-synucleinu, počítačové modelování spekter, zkoumání vztahu mezi spektry a strukturou, a cílené ovlivňování růstu fibril (pH, ionty, změna teploty, apod.).

ANNOTATION

We will concentrate on studies of structure and interaction of protein fibrils, because of their importance for biology of neurodegenerative diseases. The main model will bea-synuclein molecule present during the Parkinson’s disease. The long term objective of the proposal is finding out which factors affects fibrils growth and structure. Molecular conformational properties will be determined mostly by the methods of optical activity. Tentative plan consists of preparation of protein samples on bacterial cultures, development of reproducible protocol for fibril growth, spectroscopic (VCD, ROA, etc.) characterization of native and aggregated a-synuclein, computer modeling of teh spectra, exploration of the relation between the spectra and the structure, determination of fibrils growth factors (pH, ions,