Práce si klade za cíl prozkoumat vliv částečné sekvenční randomizace na soubor sekundárních struktur proteinů. Ze strukturní databaze PDB bude vybráno několik proteinových molekul, jejich sekundární struktury budou randomizovány a vliv randomizace bude sledován pomocí prediktorů sekundárních struktur. Výstupem práce bude nástroj pro přípravu randomizovaných sekvencí s daným aminokyselinovým složením a získané poznatky budou následně ověřeny experimentálně.
The aim of this work is to analyse the effect of partial sequence randomization on protein secondary structure (SS) properties. Selected molecular targets from PDB database will be subject to controlled SS randomization and the resulting sequences will be analysed by SS predictors. One output of this work is development of a tool for generation of random sequences with defined amino acid composition and distribution. The results will be used in further experimental validation of designed engineered molecules.
