UCT Repository Prague DOCTORAL THESIS

Time-reversible predictors in molecular dynamics

Časově reverzibilní prediktory v molekulové dynamice

Ing. Jiří Janek, Ph.D.

UCT Repository Prague DOCTORAL THESIS

Time-reversible predictors in molecular dynamics

Časově reverzibilní prediktory v molekulové dynamice

Ing. Jiří Janek, Ph.D.

Cílem práce je systematický vývoj integrátorů pro molekulovou dynamiku (vč. kanonického a izobarického souboru a dynamiky s vazbami) založených na časově revezerbilních prediktorech. Konkrétně: (i) modifikace a testování Gearových metod prediktor-korektor, (ii) izobarický soubor s prediktorem velikosti boxu založený na Verletově metodě a (iii) prediktory self-konzistentního pole pro dynamiku polarizovatelných molekul a ab initio dynamiku.

The aim of the work is a systematic development of integrators for molecular dynamics (incl. canonical and isobaric ensembles and constraint dynamics), based on time-reversible predictors. In particular: (i) modification and testing of Gear predictor-corrector methods, (ii) isobaric ensemble with a box-size predictor based on the Verlet method, and (iii) self-consistent field predictors for dynamics of polarizable molecules and ab initio dynamics.

Advisor: prof. RNDr. Jiří Kolafa, CSc.
Thesis type: Doctoral thesis
Institution: University of Chemistry and Technology, Prague
Faculty: Faculty of Chemical Engineering
Department: Department of Physical Chemistry
Study programme: Physical Chemistry
Specialization / field: Chemistry
MŠMT code: 1404V001
Language: English
Access rights: open access
SIS ID: 23823
Date available: Oct 1, 2024
Date modified: Oct 1, 2024
Date defended: Sep 17, 2024DEFENDED

Time-reversible predictors in molecular dynamics

Časově reverzibilní prediktory v molekulové dynamice

Time-reversible predictors in molecular dynamics

Časově reverzibilní prediktory v molekulové dynamice

ANOTACE

ANNOTATION