CZ | EN
UCT Prague logo
UCT Repository Prague MASTER THESIS

Statistická analýza chemické databáze PubChem

Statistical analysis of the PubChem chemical database

Circular user icon
Ing. Jakub Stárek
UCT Repository Prague MASTER THESIS

Statistická analýza chemické databáze PubChem

Statistical analysis of the PubChem chemical database

Circular user icon
Ing. Jakub Stárek

ANOTACE

Cílem práce je vyvinout nástroje pro analýzu obsahu chemických databází a použít je pro statistické vyhodnocení obsahu veřejně dostupné databáze PubChem. Databáze PubChem obsahuje k datu zadání této práce cca 20 milionů sloučenin a je tedy nemožné si snadno udělat představu o jejím obsahu, např. z hlediska zastoupení různých reaktivních skupin, velikostí molekul, různorodosti prvkového složení apod. Protože je databáze PubChem veřejně dostupná a poskytuje zdrojová data o obsažených sloučeninách ke stažení, nabízí se možnost statistické analýzy právě tohoto druhu dat. Aby bylo možné tuto analýzu provést, je třeba nejprve vyvinout odpovídající nástroje. Vzhledem k velikosti problému je třeba se zaměřit zejména na jejich rychlost, robustnost a správnost výsledků. Výsledkem práce bude kromě uvedených nást…

ANNOTATION

The goal of this work is to develop tools for analysis of content of chemical databases and to use them for statistical analysis of the publicly available chemical database PubChem. At the time of writing of this text, PubChem contains about 20 milion chemical compound and it is thus impossible to easily get an overview of its content from the point of view of representation of different reactive groups, molecular sizes, diversity of elemental composition, etc. Because the PubChem database is publicly available and offers its source data on chemical compounds for download, we have the opportunity to make a statistical analysis of these data. To make such an analysis possible, it is necessary to at first develop relevant tools. Due to the size of the problem, it is important to focus primarily on speed,…

Advisor
Ing. Bedřich Košata, Ph.D.
Referee
prof. Ing. Radek Cibulka, Ph.D.
Thesis type
Master thesis
Institution
University of Chemistry and Technology, Prague
Faculty
Faculty of Chemical Technology
Department
Department of Informatics and Chemistry
Study programme
Applied Informatics in Chemistry
Specialization / field
Chemistry and Chemical Technologies
MŠMT code
3902T044
Language
Czech
Resource accessibility
The printed version of the thesis is available at the department where the thesis was produced. Defence protocol and reviews are available at UCT Prague archive.
Access rights
open access
SIS ID
11439
Date available
Sep 14, 2010
Date modified
Sep 14, 2010
Date defended
Aug 31, 2010DEFENDED